2000

• 07 oktober 2000, Vroomshoop
  Het treinverkeer tussen Almelo en Mariënberg komt op zaterdagavond 7 oktober 2000 tot stilstand nadat een auto een knipperlichtinstallatie van een overweg ramt. Het ongeval doet zich voor ter hoogte van Vroomshoop, in landelijk gebied. De juiste toedracht is onbekend. De bestuurder van de auto raakt gewond. Volgens de NS-verkeersleiding is de ravage zo groot dat wordt besloten de rest van de avond alle treinen uit de dienst te halen. De betonnen voet van de knipperlichtinstallatie komt dwars op het spoor terecht.
• December 2000, Geerdijk
  Tussen Vroomshoop en Mariënberg rijden tot zeker vrijdag geen treinen. Bij een aanrijding tussen een trein en een auto raakt een zogeheten relaiskast beschadigd. Volgens vervoersbedrijf Syntus vergt het herstel minimaal 2 dagen. Syntus hervat woensdagochtend de dienstregeling tussen Almelo en Vroomshoop met een van haar beide treinen. De trein die bij de aanrijding betrokken is, is voor een bedrag van 100.000 gulden beschadigd, maar kan na een provisorische reparatie vanaf vrijdag weer rijden. De aanrijding vindt plaats op een met knipperlichten beveiligde overweg. De bestuurder van de auto, een 21-jarige man uit Vroomshoop, raakt lichtgewond. Syntus exploiteert de spoorlijn tussen Almelo en Mariënberg in opdracht van de Connexxion-groep.

2001

• 01 april 2001, Vriezenveen
  Op 1 april 2001 vat treinstel DE2 nummer 180 op station Vriezenveen vlam. De 180 is als trein 31062 op weg van Mariënberg naar Almelo. Het brandje wordt door de brandweer geblust en treinstel nummer 186 sleept omstreeks half negen de ongelukkige 180 naar de werkplaats in Hengelo.
• 24 augustus 2001, Herfte
  Op een snikhete zomer dag breekt er bij Herfte brand uit in een SM'90 treinstel, dat onderweg is van Zwolle naar Emmen. De trein uit de richting Emmen komt vlak bij het incident tot stilstand. De brandweer heeft de situatie snel onder controle. Het afvoeren van de ruim 200 reizigers uit beide treinen kost de NS echter heel wat meer moeite. Door het lange wachten in de felle zon raken verschillende mensen oververhit. De politie probeert de mensen met drinken te koelen. Uiteindelijk vervoert de NS alle mensen naar Zwolle. Na weer lang wachten, vertrekt eindelijk een trein die de mensen richting Emmen moet brengen. Na dit incident neemt de NS alle SM'90 treinstellen voor enkele dagen uit de dienst.

2002

• 22 maart 2002, Ommen
  Een 20-jarige vrouw uit Wijhe is vrijdagmiddag 22 maart kort na 4 uur zwaargewond geraakt bij een botsing tussen een personenauto en een trein op de met knipperlichten beveiligde overgang Nieuwedijk in Ommen. De bestuurder van de auto, een eveneens 20-jarige man uit Raalte, raakt lichtgewond. Beiden zijn overgebracht naar de Isala Klinieken in Zwolle. Het treinverkeer heeft meer dan een uur vertraging. De treinpassagiers komen met de schrik vrij en stappen over in bussen. De auto komt uit de richting Lemele. De bestuurder, die later zelf helpt de vrouw uit de zwaar beschadigde auto te halen, verklaart de knipperlichten wel te hebben gezien, maar te zijn afgeleid, waarna hij toch de overweg op is gereden. De trein nadert uit de richting Ommen en grijpt de auto aan de passagierskant. De brandweer Ommen rukt uit om assistentie te verlenen.
• 03 juli 2002, Wildervank
  STAR-stoomloc Emma is woensdag 3 juli betrokken bij een aanrijding met een auto. De Emma is voor een proefrit onderweg van Stadskanaal richting Wildervank.

2003

• 21 januari 2003, Coevorden
  Lekkende ketelwagon op het station van Coevorden zorgt voor het stilleggen van het treinverkeer.
• 22 februari 2003, Emmen
  Met hoge snelheid rijdt een automobilist in op een rij wachtende auto's voor een spoorwegovergang in de Nieuw-Amsterdamsestraat in Emmen. De auto's komen uiteindelijk niet in aanraking met de trein.
• 11 mei 2003, Nieuw-Amsterdam
  Taxi komt onder een werktrein op de overweg in de Industrieweg in Nieuw-Amsterdam. De chauffeur rijdt met zijn taxi tussen de gesloten overwegbomen door. De taxi wordt honderden meters meegesleurd door de werktrein die getrokken wordt door locomotief 6403. Het geheel komt tegen de perronrand van het station Nieuw-Amsterdam tot stilstand. De taxichauffeur is op slag dood.
• November 2003, Hardenberg
  Een 28-jarige man uit Hardenberg is dit weekend verongelukt, toen hij in zijn woonplaats wordt aangereden door een passerende trein. De man wordt met zijn fiets aangereden op de spoorwegovergang in de Twenteweg. De spoorwegpolitie stelt nader onderzoek in naar de toedracht van het ongeval.
• 01 december 2003, Dalfsen
  Een 19-jarige automobiliste uit Dedemsvaart kruipt door het oog van de naald. Haar auto wordt door nog onbekende oorzaak op de spoorwegovergang Koepelallee in Dalfsen geraakt door de passagierstrein van Zwolle naar Emmen. De brandweer heeft het dak van de auto moeten openknippen om de Dedemsvaartse te bevrijden. Ze is per ambulance naar het ziekenhuis in Zwolle gebracht, waar slechts lichte verwondingen worden geconstateerd. De auto raakt total loss. De vertraging voor treinpassagiers loopt op tot een uur.

2004

• 26 januari 2004, Gramsbergen
  Een fietser is maandagochtend 26 januari op de spoorwegovergang De Haandrik in Gramsbergen overleden, nadat de fietser is aangereden door een trein. De Haandrik is een spoorwegovergang zonder bomen. Door het ongeluk kunnen tussen Gramsbergen en Emmen geen treinen rijden en tussen Ommen en Emmen geen sneltreinen rijden. Halverwege deze maand heeft de gemeente Hardenberg bekend gemaakt geen spoortunnel aan te leggen bij de overgang. De overweg wordt nog dit jaar beveiligd met automatische slagbomen. In het verleden hebben zich bij De Haandrik al meer ongelukken voorgedaan.
• 07 februari 2004, Coevorden
  Een jongeman steekt ondanks de gesloten spoorbomen toch de spoorbaan over op de overweg in de J.B. Hemelweg in Coevorden. Hij wordt vol gegrepen door de aanstormende trein en overleeft de botsing niet.
• 16 juli 2004, Coevorden
  Het treinverkeer tussen Coevorden en Emmen ligt vrijdagochtend 16 juli 2004 enkele uren stil, nadat een trein tegen een oplegger botst. Een 46-jarige Duitse chauffeur rijdt met een trekker met oplegger over het spoor op de Wethouder J.B. Hemelweg in Coevorden. Door onbekende oorzaak raakt de oplegger los van de trekker en blijft staan op de spoorwegovergang. De naderende trein kan niet meer op tijd stoppen en botst tegen de oplegger. Het treinverkeer wordt later op de dag weer helemaal hervat.

2005

• 13 september 2005, Coevorden
  Een 46-jarige man uit Coevorden loopt tegen een voorbij rijdende trein ter hoogte van de Gouverneur Hofstedelaan in zijn woonplaats. Hij raakt gewond aan zijn armen en handen, maar loopt op eigen kracht naar huis. Alwaar hij een ambulance laat komen.
• 17 december 2005, Dalen
  Een 57-jarige vrouw vergist zich in de afslag en rijdt de spoorlijn op in plaats van de weg naar haar huis. Eenmaal tussen de rails beland is de auto niet meer voor of achteruit te krijgen. Ze stapt de auto uit om hulp te halen, maar kan een aanstormende trein niet meer op tijd waarschuwen. De auto is rijp voor de sloop en ook de trein heeft behoorlijke schade.

2006

• 24 maart 2006, Coevorden
  Een 35-jarige vrouw wordt op het station van Coevorden met messteken om het leven gebracht. De vrouw is kort daarvoor met de trein in Coevorden aangekomen. Toegesnelde hulpdiensten en een traumahelikopter kunnen de vrouw niet meer reanimeren. De dader meldt zich later zelf op het politiebureau. De reden van de moord ligt vermoedelijk in de relationele sfeer.
• 24 november 2006, Emmen-Zuid
  Op het baanvak tussen Nieuw-Amsterdam en Emmen, ter hoogte van de Zijweg, botst vrijdagmiddag een trein tegen een minikraan. Die staat in verband met werkzaamheden (te) dicht langs de spoorrails. Niemand raakt gewond. Het achterste treinstel is teruggereden naar Nieuw-Amsterdam. Het voorste treinstel kan niet meer rijden. De passagiers uit het het voorste treinstel zijn met bussen afgevoerd. Door het ongeval is de spoorwegovergang in de Nieuw-Amsterdamsestraat dicht hetgeen leidt tot overlast voor het wegverkeer.
• 28 november 2006, Dalfsen
  Het treinverkeer tussen Ommen en Zwolle is dinsdagochtend 28 november stilgelegd nadat brand uitbreekt onder een treinstel. De trein staat op het station van Dalfsen. Spoorbeheerder ProRail vermoedt dat een vastzittende rem de oorzaak van de brand is. De melding van de brand komt rond 08.10 uur binnen. Tien minuten later is de brandweer ter plaatse, die het vuur met schuim blust. Alle reizigers kunnen het treinstel op tijd verlaten. Bij het incident vallen geen gewonden. Het treinverkeer is enige tijd gestremd.

2007

• 03 augustus 2007, Holsloot
  Een 43-jarige man uit Veenoord raakt op een onbewaakte overweg met zijn bestelbus onder de trein Coevorden - Emmen. De man overlijdt ter plaatse. Vermoedelijk heeft de man door de laagstaande zon de trein niet zien aankomen. De trein is net vertrokken van het station Nieuw-Amsterdam en probeert de automobilist nog met geluidssignalen te waarschuwen. De spoorwegen zijn de hele avond bezig met het bergen van de wrakstukken.
• 07 augustus 2007, Rechteren
  Door een botsing van een trein met een tractor en aanhanger heeft het treinverkeer tussen Ommen en Zwolle stilgelegen. De trein botst tussen het station in Dalfsen en de Dalmsholterweg tegen de aanhanger. Er zijn geen gewonden gevallen. Het ongeval gebeurt bij een onbewaakte spoorwegovergang, bedoeld voor boeren die er hun land hebben liggen. Treinreizigers worden tijdelijk met bussen vervoerd en hebben een half uur tot een uur vertraging. Bewoners willen dat spoorbeheerder ProRail de onoverzichtelijke situatie ter plekke aanpast.
• 05 december 2007, Coevorden
  Op de overweg in de Monierweg nabij het Europark in Coevorden botst een trein op een tractor met kar. Van een trein bestaande uit 2 treinstellen plan V, ontspoort treinstelnummer 953. Drie personen van de 31 treinreizigers in de trein raken lichtgewond. Ook de machinist en de chauffeur van de tractor blijven ongedeerd. De trein is onderweg van Zwolle naar Emmen. Het middelste gedeelte van de trein ontspoort en komt midden op de weg terecht. De hulpdiensten rukken met groot materieel uit. Waarom de kar van de tractor op de overweg blijft staan is onduidelijk. De trein remt al voor de nadering van station Coevorden waardoor de klap niet al te groot is. Het treinverkeer tussen Gramsbergen en Coevorden blijft tot donderdagmiddag gestremd.

2008

• 20 februari 2008, Hardenberg
  Een 18-jarige vrouw uit Bergentheim komt woensdagochtend 20 februari 2008 om het leven door een ongeval op de spoorwegovergang nabij het station Hardenberg. Het slachtoffer steekt rond half tien de spoorbaan over bij de Weitkamplaan en wordt aangereden door een passerende goederentrein (losse locomotief Railion 6415). Vermoedelijk is zij onder de spoorbomen doorgelopen en gestruikeld, aldus de spoorwegpolitie van het Korps Landelijke Politiediensten (KLPD).

2009

• 23 augustus 2009, Nieuwediep
  Een STAR-trein met locomotief T3-5933 aan het hoofd botst op een onbewaakte overweg op een busje van de Gasunie. Er vallen geen gewonden. De Gasunie is in de buurt van Nieuwediep bezig met werkzaamheden aan het gasnet. Uit voorzorg heeft de STAR de snelheid ter plaatste al verlaagd van 40 naar 10 kilometer per uur. Toch had de bestuurder van het busje meer oog voor de gasbuizen dan voor de trein en is een botsing ondanks een noodstop van de trein niet te voorkomen. De trein vol vakantiegangers kan de reis na een uur voortzetten.